PUBMED的检索方法

近年来，随着INTERNET的普及，一些机构通过INTERNET提供MEDLINE数据库免费检索服务，如美国国立卫生院提供的PubMed检索系统(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/)、由广告商提供的HEALTHGATE检索系统(http://www.healthgate/medline/search.html)和MEDSCAPE检索系统(http://www.medscape.com/misc/formmedlineinflive.html/)、HELIX检索系统(http://www.helix.com)、MEDEC检索系统(http://medecinteractive.com/)等、AVICENNA检索系统(http://www.avicenna.com/)等。其中PubMed数据更新快，检索系统比较完善，深受广大医务工作者和图书情报人员的欢迎。但由于不少使用者不熟悉PubMed的使用方法，因而不用或少用，即便使用，检索结果也不太满意。本文拟简要介绍PubMed及其具体操作方法。 
　　PubMed检索系统所提供的书目信息数据库主要来源于MEDLINE和PREMEDLINE。其中PREMEDLINE是指将要进入MEDLINE数据库的文献先做成一个数据库，数据为每天更新。PubMed提供了强大的技术支持。使用户可以非常容易地在普通检索界面进行检索(普通检索界面可通过布尔逻辑组配执行高级检索界面的功能)。 

1　主题检索 

　　在检索式提问框中输入一个或更多的词，然后按回车键或用鼠标点击`search’按钮，PubMed就会利用`自动词语匹配’功能将重要的词或词组用`AND’组合在一起进行检索。当然，也可使用MeSH/副主题词组配格式(MeSH为Medical Subject Headings的缩写，是美国国立医学图书馆编写的医学主题词表)，如neoplasms/diet therapy［mh］**。“自动词语匹配”是检索系统将输入的检索词根据MeSH注释表、期刊名注释表、常用词组表和作者索引进行匹配。 

1.1　MeSH注释表 

　　MeSH注释表包括MeSH词、副主题词、MeSH词相关参照(也称款目词)、物质名称、物质名称同义词等。如果输入的检索词在注释表中发现有匹配的词，则该词将被作为MeSH词和自由词(即textword)同时进行检索。例如，如果我们输入Vitamin h,PubMed会这样检索：(“Biotin［MeSH］OR itaminh［tw］)——vitamin h是MeSH词Biotin的款目词。 

1.2　期刊名注释表 

　　包括期刊名全称、期刊名MEDLINE缩写、ISSN号。例如，如果你输入“New England Journal of Medicine”，PubMed将按“N Engl J Med［ta］”查询。 

1.3　常用词组表 

　　如果在MeSH注释表或期刊名注释表中未发现匹配的词，PubMED就会检索来自MeSH、物质名称、题名和文摘中多次出现的常用词组表，例如cold compresses。 

1.4　作者索引 

　　如果输入的检索词在以上词表中未找到，且该词后有一或二个字母，PubMed就会查检作者索引。如果在作者索引中仍未找到匹配词，PubMed就将该词组分开并重复上面的查找过程。如果还没有匹配词，PubMed将该词组的每个单词用`AND’组配并在所有字段中查找。 

2　作者姓名检索 

　　输入作者姓名时应采用姓+名(名的首字母缩写，不用标点符号)的格式，例如SmithJA。PubMed将自动地截取作者姓名中名的首字母以适应不同的名缩写。如果只输入作者的姓，PubMed会在包括作者字段在内的所有字段进行检索，例如只输入Yang,则PubMed将象下面一样检索：Yin-Yang［mh］或Yang［tw］。此外，如果使用双引号“”将作者的姓全称和名的第一个首字母引起来，并用作者检索字段标识符［au］限制，如“smithj”［au］，PubMed将关闭自动截词，且检索姓名中名只有一个字母缩写的作者。 

3　期刊名称检索 

　　可以输入期刊名全称检索，如molecular biology of the cell;期刊名MEDLINE缩写名称检索，如molbiolcell;或ISSN号检索，如1059-1524。 
　　如果期刊名称正好是医学主题词表(MeSH)中的词，例如genetherapy、science、cell,PubMed会将其当作MeSH词进行检索。因此，在此种情况下应使用期刊名称检索字段标识［ta］，如genetherapy［ta］。 
　　如果期刊名称是一个单词，也需要使用期刊名称检索字段标识，如scanning［ta］，否则会在所有字段检索该词。 
　　推荐使用期刊名称全称或MEDLINE缩写形式检索期刊。同时需要注意的是，在以前的引文中，ISSN号是不能保证的。 

4　截词检索 

　　在词的末尾加*号，PubMed就会检索出以该词为词根的所有词，例如，staph*，但不包括*号后有一个空格的词组，譬如，infection*包括infections，但不包括infection control。此外，截词检索将关闭自动词语匹配功能，也不能进行扩展检索。如：heart attack*不会匹配MeSH词，也不会扩展检索my-ocardial infarction、myocardial stunning、shock,cardiogenic这些方面的文献。 

5　词组检索(规定PubMed检索一个词组) 

　　如果PubMed检索在常用词组列表中已有的词组，如poi-son ivy,PubMed就会把它作为一个词组来检索。但有时Pubmed可能找不到相应的词组，如brca1，此时可通过给一个词组加上双引号，使得PubMed将其当作一个词来进行检索，如“brca1”。需注意的是，使用双引号规定PubMed进行词组检索，PubMed就不会执行自动词语匹配功能和扩展检索功能。 

6　每页显示的文献数量 

　　PubMed将检索出的文献记录按每页20条显示(缺省值)。要改变缺省值，单击`number of documents to display perpage’下拉菜单，并选择一个更大的值。 

7　检索时间范围限制 

　　使用`entrez date limit’下拉菜单可限制检索时间范围。`entrez date’是引文追加到PubMed数据库的日期。引文以文献记录入库时间顺序显示(倒序)。 

8　检出文献记录显示格式 

　　使用“abstract report”(PubMed缺省显示方式)下拉菜单可选择文献记录显示形式。 
　　①文摘报告：包括期刊出处、记录状况、论文名称、非英文文献说明、作者、作者单位、文摘(如有)、出版类型、PubMed和MEDLINE登记号等。 
　　②引文报告：期刊出处、记录状况、论文名称、非英文文献说明、作者、作者单位、文摘(如有)、出版类型、MeSH词、资助号、PubMed和MEDLINE登记号等。 
　　③MEDLINE报告：MEDLINE记录格式，采用二个字母的文献记录字段标识符。 

9　PubMed检索规则与语法 

　　①布尔运算符AND，OR，NOT必须大写，例如，vitaminc OR zinc； 
　　②PubMed从左至右进行布尔运算。不过，你可以通过加圆括符改变运算顺序，如commoncoldAND(vitamincORzinc)。 
　　③指定文献记录字段名称检索，如dna［mh］ANDcrick［au］and1993［dp］。下面列出常用字段名称缩写： 
　　DP——出版日期　采用YYYY/MM/DD［DP］格式，如1998/03/06［DP］。输入日期范围则用冒号连接，如1996：1998［DP］，1998/01：1998/04［dp］ 
　　AD——第一作者机构名称、地址、资助号　如LM05545/LM/NLM［ad］ 
　　AU——作者姓名　如o’brienj［au］ 
　　TA——期刊名称　包括期刊名全称、简称、ISSN。jbiolchem［ta］或0021-9258［ta］ 
　　LA——文献出版语言　Chinese［la］ 
　　MH-Mesh主题词　neoplasms［mh］或neoplasms/dt［mh］ 
　　PT——出版类型　review［pt］ 
　　TW——自由词　AA001794［tw］ 
　　T1——文献标题内自由词leiomyosarcoma［ti］ 
　　④经常通过单击Details按钮观察PubMed怎样运算你的检索策略，并不断修正检索策略，以达到最佳检索结果。 

10　PubMed在提供的文献记录中，有些记录中出现有彩色标记的期刊名称缩写按钮，用鼠标点击该按钮，部分期刊将免费提供该记录的全文。 
各数据库简要介绍 
PubMed： 一个关于生物医药科学的检索系统，包括引用，摘要，和杂志的索引术语。它包括直接由出版商提供给NCBI的文献引用以及链接到在出版商网址上的全文的URLs。PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。它还包括一些被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志，因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。 
Nucleotides： 该数据库收集了从GenBank, RefSeq和PDB等数据库的所有基因序列。可以用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名，以及其它的术语来搜索核酸序列记录。如果要检索大量数据，可使用批量Entrez。 
Protein： 由众多数据库组成，如SwissProt, PIR, PRF, PDB，此外还包括GenBank 和RefSeq所注明的编码基因的蛋白质翻译序列。可以用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名，以及其它术语来搜索蛋白序列记录。如果要检索大量数据，可使用批量Entrez。 
Genome： 该数据库包含超过800种被完整测序物种的基因组序列。其中包括多于500种病毒，25种细菌，酵母，和许多质粒及细胞器等。此外还包括正在测序中的基因组，如人，水稻等。该数据库提供完成的基因组/染色体的图形概览，并可以探究那些逐步细化的区域。也提供那些已经被NCBI工作人员分析过的物种的编码区的摘要和文本表格等。可以通过每个物种的Entrez基因组页面来下载小于350kb的基因组；通过每个物种的Entrez基因组页面上的ftp链接来下载大于350kb的基因组。 
Structure： 又称为MMDB数据库，包含了众多的已由实验确定的生物分子的三维结构。大部分结构数据来自于X射线晶体衍射和NMR核磁共振色谱分析。该数据库来源于Brookhaven蛋白数据库（PDB），只是排除了那些理论推测的结构，并重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。该数据库还包括以下工具： 
· Cn3D：用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具，它允许观察3-D结构和序列-结构或结构-结构同源比较。Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。 
· VAST ：矢量同源比较搜索工具，一个在NCBI开发的计算算法，用于确定相似的蛋白三维结构。每一个结构的"结构邻居"都是预先计算好的，而且可以通过MMDB的结构概要页面的链接访问。这些邻居可以用来确认那些不能被序列比较识别的远的同源性。 
· VAST 搜索：结构--结构相似搜索服务。比较一个新解出的蛋白结构和在MMDB/PDB数据库中的结构的三维坐标。VAST搜索计算一系列可能会被交互浏览的结构邻居，用分子图形来观察重叠和同源相似。 
PopSet： 该数据库收集了众多的DNA序列，用于分析群体的进化相关性。使用者可通过Sequin软件向GenBank提交序列。 
Taxonomy： 该数据库包含了大于70000个物种的名称和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。可以检索一个特定种或者更高分类（如属，科）的核酸，蛋白，和结构记录。如果有新物种的序列数据被放到数据库中，这个物种就被加到（分类）数据库中。 
OMIM ： Online Mendelian Inheritance in Man，经常更新的人类基因和遗传失调的目录，可链接到其它相关的文献参考，序列记录，和相关数据库。